Второй вариант, это проблема с жестким диском. Возможна Ваш жесткий диск начал "сыпаться", то есть на нем появились битые сектора. Это очень неприятная штука, так как Вам скорее всего придется заменить жесткий диск.
Для исправления ошибки «Не удается запустить Windows из-за испорченного или отсутствующего файла \WINDOWS\SYSTEM32\config\system» просто нужно скопировать файл, находящийся по пути \windows\repair\system в место \windows\system32\config\system, причем скопировать с заменой исходного файла. Сделать это можно загрузившись с LiveCD, в котором есть файловый менеджер, либо достать жесткий диск из компьютера и подключить его вторым диском к рабочему.
В общем, методика ясна.